El perfilado genómico integral (CGP) se presenta actualmente como el enfoque más eficiente para abordar la complejidad biológica y clínica de la oncología de precisión.

Así lo expuso Elena González Sánchez, de Roche Diagnostics España, durante el XI Simposio Biopsia Líquida, celebrado en Santiago de Compostela.

Según la experta, el CGP permite analizar de forma simultánea más de 300 genes, incluyendo distintos tipos de alteraciones genómicas y firmas moleculares. Biomarcadores como BRAF, ALK, EGFR o KRAS forman parte de este análisis, que puede aplicarse a múltiples tipos de tumores, como pulmón, colon o próstata, y facilita la transición desde guías clínicas generalistas hacia estrategias terapéuticas centradas en el paciente.

González Sánchez destacó que uno de los principales desafíos en oncología de precisión es el manejo de las muestras. La calidad del material biológico condiciona directamente la fiabilidad de los resultados, y existen diferencias relevantes entre las biopsias sólidas y las biopsias líquidas, tanto desde el punto de vista técnico como logístico, indicó. A ello se suma la heterogeneidad tumoral, visible incluso dentro de una misma muestra de tejido, que complica el análisis genómico completo.

En este contexto, reiteró que la biopsia líquida se consolida como un método mínimamente invasivo que está transformando la práctica clínica, ya que su uso permite avanzar desde la detección de mutaciones individuales hacia una comprensión más holística de la enfermedad, con aplicaciones que abarcan desde el diagnóstico y el cribado hasta el seguimiento y la selección de tratamiento.

En fases tempranas, explicó que la biopsia líquida posibilita la detección precoz del cáncer y el cribado en poblaciones de riesgo. Por su parte, añadió que en el seguimiento, permite evaluar la respuesta al tratamiento, detectar enfermedad mínima residual (EMR) y monitorizar la evolución clonal del tumor. En lo que respecta a selección terapéutica, confirmó que facilita la identificación de mutaciones accionables y de mecanismos de resistencia, apoyando la personalización del tratamiento.

La experta pronunció que el análisis mediante biopsia líquida se basa en distintos biomarcadores presentes en sangre. El ADN tumoral circulante (ctDNA) refleja el perfil genómico del tumor y permite detectar mutaciones, inserciones y deleciones, amplificaciones, translocaciones y metilaciones. De forma complementaria, matizó que “el ARN tumoral circulante (miRNA, mRNA y lncRNA) aporta información sobre la actividad genética”.

Otros componentes analizados por González Sánchez incluyeron las vesículas extracelulares, que transportan ADN, ARN y proteínas; las células tumorales circulantes (CTCs), que aportan información genómica y transcriptómica aunque con limitaciones por su baja abundancia; las plaquetas educadas por el tumor (TEPs), útiles para el perfilado de ARN; y las proteínas tumorales, empleadas en ensayos clínicos específicos.

Durante su presentación, González Sánchez detalló el flujo de trabajo integral de Roche Diagnostics para la oncología de precisión basado en el CGP, que cubre todo el recorrido del paciente. Este incluye soluciones de patología anatómica, perfilado genómico, análisis de datos, apoyo a los Comités de Tumores y monitoreo del paciente, reiteró.

Entre las herramientas destacadas mencionó que se encuentran FoundationOne CDx para biopsia de tejido, FoundationOne Liquid CDx para biopsia líquida y FoundationOne Heme para neoplasias hematológicas y sarcomas. Estas pruebas analizan entre 324 y 406 genes, incorporan biomarcadores como TMB, MSI, HRD o fracción tumoral de ctDNA y cuentan con tiempos de respuesta de alrededor de ocho a nuevo días, dependiendo del test, subrayó.

A continuación, dijo que la utilidad clínica de la biopsia líquida se apoya en los resultados del estudio internacional L1st, que evaluó el impacto de FoundationOne Liquid CDx frente al estándar de cuidado. En este sentido, el estudio mostró que el tiempo hasta el diagnóstico se redujo de una mediana de 35 días a 14 días, y el tiempo hasta la recomendación de tratamiento de 43 a 20 días, con diferencias estadísticamente significativas.

Por otro lado, la experta también abordó el uso del ctDNA para el monitoreo de la respuesta al tratamiento, especialmente en enfermedad avanzada. Para ello, mostró casos clínicos en los que los cambios en los niveles de ctDNA precedieron a la respuesta observada por imagen, evidenciando su valor como herramienta de seguimiento molecular.

Asimismo, detalló las características técnicas de FoundationOne Monitor, “un ensayo de monitoreo de ctDNA diseñado para pacientes con cáncer avanzado, actualmente disponible solo en entornos de investigación y no comercializado en España”.

Cerrando su intervención, González Sánchez destacó que la biopsia líquida ofrece conocimientos poderosos que apoyan la toma de decisiones clínicas en oncología de precisión”. Además, especificó que “permite acortar significativamente el tiempo de diagnóstico, logrando resultados más rápidos en comparación con métodos tradicionales y muestra una alta concordancia con la biopsia de tejido, asegurando que los hallazgos moleculares sean fiables y consistentes entre diferentes tipos de muestras.

La experta señaló que esta herramienta también facilita la detección de biomarcadores accionables, lo que permite orientar las decisiones terapéuticas y monitorear la aparición de mutaciones de resistencia durante el tratamiento. “Gracias al uso del CGP, la biopsia líquida permite una evaluación precisa de biomarcadores complejos, incluyendo la carga mutacional tumoral (TMB), la inestabilidad de microsatélites (MSI) y la firma de deficiencia de recombinación homóloga (HRD)”, finalizó.

El papel de la proteómica plasmática

Por su parte, Cindy Lawley, de Olink Proteomics (San Francisco, EEUU), presentó una visión detallada del papel de la proteómica plasmática en la investigación biomédica y la medicina de precisión, destacando la capacidad tecnológica de Olink para detectar proteínas incluso en concentraciones extremadamente bajas.

Bajo el concepto de ‘High-throughput access to the low-abundant plasma proteome’, Olink mostró cómo su plataforma permite analizar proteínas plasmáticas a lo largo de todo el espectro de abundancia. Desde proteínas clásicas presentes en concentraciones de miligramos por mililitro, como LDL y HDL, hasta proteínas de señalización celular clave —como IL-6, IL-8, IFNγ o TNFα— detectables en rangos de nanogramos y picogramos por mililitro. Este acceso de alto rendimiento al proteoma de baja abundancia abre nuevas oportunidades para la identificación de biomarcadores clínicos y el estudio de procesos biológicos complejos, desarrolló.

Uno de los aspectos más destacados durante su presentación fue el Pharma Proteomics Project – Full Cohort Study, desarrollado en colaboración con el UK Biobank. Este proyecto se presenta como el estudio proteómico más amplio realizado hasta la fecha y tiene como objetivo generar una nueva comprensión de la medicina mediante el análisis sistemático del proteoma humano a escala poblacional. La iniciativa cuenta con la participación de numerosas compañías farmacéuticas y biotecnológicas, entre ellas AstraZeneca, Roche, Pfizer, GSK, Novo Nordisk, Johnson & Johnson y Regeneron, así como otras organizaciones científicas y tecnológicas.

Lawley también quiso hacer hincapié en cómo su tecnología está siendo adoptada por importantes programas de salud poblacional en todo el mundo, lo que subraya su relevancia y potencial en la investigación biomédica. Biobancos y estudios de cohortes en Europa, América del Norte y Asia, como UK Biobank, FinnGen, All of Us (NIH), CanPath o el China Kadoorie Biobank, están incorporando análisis proteómicos de alta sensibilidad para ampliar el conocimiento sobre enfermedades complejas y mejorar la medicina de precisión, celebró.

En el ámbito clínico, presentó datos que muestran el valor predictivo de la proteómica en enfermedades relacionadas con la edad. Mediante el uso de ProteinScore, demostró una mayor capacidad predictiva a 10 años para Diabetes Tipo 2 en comparación con modelos basados únicamente en genética o factores de estilo de vida. Los modelos que combinan ProteinScore con marcadores clínicos como HbA1c alcanzaron el mayor rendimiento predictivo, según estudios recientes publicados en Nature Aging y Nature Communications basados en datos del UK Biobank, articuló.

La presentación de Lawley también ilustró cómo la plataforma de Olink permite cubrir todo el recorrido desde el descubrimiento de biomarcadores hasta su traducción clínica dentro de una sola tecnología. Este enfoque quedó ejemplificado con el desarrollo del test de esclerosis múltiple de Octave Biosciences, que evolucionó desde un estudio exploratorio de más de 1.400 proteínas hasta un test clínicamente validado de 18 proteínas.

Con este enfoque integral, concluyó que “Olink refuerza su apuesta por la proteómica como herramienta clave para identificar dianas terapéuticas causales, mejorar la predicción del riesgo y apoyar la traslación clínica, alineándose con su mensaje central: ‘Revelando la verdad de la enfermedad humana, proteína por proteína’”.